Hệ thống văn phòng điện tử quản lý hoạt động an toàn thực phẩm được đưa vào áp dụng triển khai ngày từ đầu năm 2013, với 12 chức năng. Trong đó có 6 chức năng thuộc diện điều hành quản lý chung của sở y tế Quảng Trị có thể kết nối và làm việc đến 100% cơ quan trong ngành bao gồm: Quản lý công văn; Quản lý nhân lực; Quản lý tài sản; Quản lý văn phòng phẩm; Đào tạo, nghiên cứu khoa học và Lịch công tác cơ quan và cá nhân.
Đặc biệt hệ thống quản lý hoạt động chuyên môn an toàn thực phẩm có 6 chức năng gồm: Quản lý cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện An toàn thực phẩm; Quản lý tiếp nhận công bố sản phẩm; Quản lý hoạt động thanh, kiểm tra an toàn thực phẩm; Ngoài ra có thêm các chức năng tra cứu thông tin, cung cấp thông tin và hỏi đáp khách hàng. Các chức năng này giúp các phòng chuyên môn, các trung tâm y tế, trạm y tế các xã và người quản lý củacác đơn vị, tổ chức dễ dàng theo dõi hoạt động của mình, đồng thời nắm bắt được các thông tin chung của đơn vị, từ đó kết nối các văn phòng và tạo một kênh truyền thông nội bộ nhanh và thuận tiện hơn.Qua thời gian triển khai thực tế, tại chi cục, các trung tâm y tế huyện, thị xã, thành phố và 141 phường xã đều đã ứng dụng hiệu quả, hạn chế các sai sót trong quá trình xử lý công việc, đồng thời tiết kiệm thời gian, nhân lực. Đặc biệt đã thiết lập hệ thống kho lưu trử dử liệu thống kế báo cáo thường kỳ theo quy định của Cục An toàn thực phẩm - Bộ Y tế.