Nhằm thể hiện sự công khai, minh bạch, đem lại hiệu quả, thuận lợi cho tổ chức, đơn vị, cá nhân trong hoạt động an toàn vệ sinh thực phẩm và trên hết là xây dựng đội ngũ cán bộ công chức ngày càng chuyên nghiệp trong giải quyết công việc hành chính công, Chi cục đã tiến hành xây dựng, áp dụng và triển khai hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn TCVN 9001:2008 từ tháng 6/2013.

Quy định cách thức xử lý các dịch vụ hành chính công không phù hợp được phát hiện thông qua quá trình giải quyết các thủ tục hành chính cho tổ chức/công dân.