Theo đó, chợ được lựa chọn đưa vào thí điểm bao gồm: chợ nằm trong quy hoạch chợ của thành phố, đang hoạt động có hiệu quả; có nhu cầu kinh doanh hàng thực phẩm riêng biệt; thương nhân kinh doanh hàng thực phẩm tại chợ cố định, có giấy phép kinh doanh, xác định được nguồn cung thực phẩm chủ yếu đang mua bán thuộc phạm vi quầy sạp của mình; có tổ chức quản lý chợ, có nội quy chợ được cấp có thẩm quyền phê duyệt; hàng hóa phải được niêm yết giá và bán theo giá niêm yết; các chợ này không có các chất thải gây hại đến môi trường không được kiểm soát.
Dựa theo các tiêu chí lựa chọn trên, năm 2014 sẽ áp dụng mô hình chợ thí điểm đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm cho chợ Hàn và chợ Đống Đa. Năm 2015- 2016 sẽ tiếp tục triển khai tại 04 chợ loại I là chợ Cồn, chợ đầu mối Hòa Cường, chợ Mới Hòa Thuận và chợ Hòa Khánh. Trong những năm tiếp theo sẽ tiếp tục triển khai tại các chợ loại II, loại III do UBND các quận, huyện quản lý.